Родился 31мая 1950 года в городе Караганда

1967 — с золотой медалью окончил среднюю школу и поступил работать регулировщиком радиоаппаратуры на завод им. Кирова в Петропавловске.
1968—1973 гг. — студент Сибирского автодорожного института им. Куйбышева в Омске, получил специальность «инженер-строитель мостов». После окончания института едет работать в Сургут. В течение четырёх лет работает на строительстве моста через Обь инженером производственно-технического отдела, строительным мастером, старшим инженером мостового поезда № 442.
1977 — получает направление на работу в Ханты-Мансийский окружной комитет КПСС сначала инструктором, а затем заведующим отделом строительства.
1982 — становится первым заместителем председателя Ханты-Мансийского окрисполкома.
1983—1988 гг. — работает в Березовском районе в качестве первого секретаря райкома партии. В это же время заочно заканчивает Высшую партийную школу в Свердловске и в течение года работает вторым секретарем Ханты-Мансийского окружкома КПСС.

1989 — утверждается председателем Ханты-Мансийского окрисполкома, в 1990 — избирается депутатом Тюменского областного Совета народных депутатов.

1991 — Указом Президента РФ назначен главой Администрации Ханты-Мансийского автономного округа.

1993 — округ получает статус полноправного субъекта РФ, и жители избирают А. Филипенко представлять интересы региона в Совете Федерации.

1995 — назначается губернатором округа, а год спустя, 27 октября 1996, побеждает на губернаторских выборах, получив в свою поддержку более 70 % голосов избирателей.
 
В 1996 года —2000 гг. — член Совета Федерации, член Комитета Совета Федерации по делам Севера и малочисленных народов.

С 12 марта по 17 сентября 2001, с 16 марта по 27 сентября 2005 и с 1 декабря 2008 по 25 мая 2009 — член президиума Государственного совета Российской Федерации, возглавлял рабочую группу по вопросам совершенствования государственной политики в области недропользования (природопользования) Госсовета РФ.

26 марта 2000 — повторно избран на пост Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа, получив в свою поддержку 90,82 % голосов избирателей. 

21 февраля 2005 — Президентом России В. В. Путиным кандидатура А. В. Филипенко внесена на рассмотрение Думы Ханты-Мансийского автономного округа — Югры для наделения его полномочиями Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа.

24 февраля 2005 — 2010 Дума Ханты-Мансийского автономного округа — Югры утвердила А. В. Филипенко в должности Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа-Югры. 
В 2010—2018 годах — аудитор Счётной палаты РФ.

Награды

Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени (17 февраля 2010 года) — за заслуги перед государством и большой личный вклад в социально-экономическое развитие округа
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (25 апреля 2000 года) — за большой вклад в социально-экономическое развитие регионов и многолетний добросовестный труд
Орден Почёта (8 декабря 1995 года) — за заслуги перед государством и многолетнюю добросовестную работу
Орден «За заслуги» III степени (12 ноября 2002 года, Украина) — за весомый личный вклад в развитие региональных связей между областями Украины и Ханты-Мансийским автономным округом Российской Федерации
Заслуженный строитель Российской Федерации (30 июля 1999 года) — за заслуги в области строительства и многолетний добросовестный труд
Медаль «За освоение недр и развитие нефтегазового комплекса Западной Сибири» (1982 год)
Благодарность Президента Российской Федерации (25 августа 2005 года) — за активное участие в работе Государственного совета Российской Федерации[13]
Благодарность Президента Российской Федерации (12 августа 1996 года) — за активное участие в организации и проведении выборной кампании Президента Российской Федерации в 1996 году
Орден Дружбы народов (Башкортостан, 22 февраля 2000 года) — за большой личный вклад в укрепление дружбы и сотрудничества между народами Республики Башкортостан и Ханты-Мансийского автономного округа
Почётный строитель России (1998 год) — за многолетнюю плодотворную работу, большой личный вклад в развитие строительного комплекса Ханты-Мансийского автономного округа
Лауреат национальной премии бизнес-репутации «Дарин» Российской Академии бизнеса и предпринимательства в 2002 г.

Учёная степень

24 января 2002 года — защитил кандидатскую диссертацию, присвоена ученая степень «Кандидат социологических наук» (Российская академия государственной службы при Президенте Российской Федерации).